Il terzo film, Men in Black, è un sequel della famosa commedia americana. Protagonisti lo stesso Tommy Lee Jones e Will Smith. Il regista è stato nuovamente rilevato da Barry Sonnenfeld, produttore esecutivo dietro Steven Spielberg. Il film è uscito nelle sale il 23 maggio 2012.
Il ruolo dell'eroe negativo questa volta è preso da Jemaine Clement, interpreta Boris. Questo è il criminale che è fuggito dalla prigione lunare. Brucia d'odio per l'agente Kay, che nel luglio 1969 catturò il colpevole e lo lasciò senza un braccio. Quando Kay scopre improvvisamente che Boris è fuggito, esprime grande rammarico per non averlo ucciso durante il suo arresto. Dopodiché, l'agente semplicemente scompare e solo il suo partner Jay ricorda che è esistito. Il resto dello staff in nero pensa che Kay sia morta in uno scontro con un criminale nel 1969.
L'unica spiegazione per un tale capovolgimento della realtà è un cambiamento nel passato. Jay e l'agente O decidono che Boris è coinvolto. Ciò è confermato da un altro evento di scala cosmica: l'invasione della Terra da parte della razza Boris. Nella prima realtà, questo era impossibile, dal momento che Kay ha installato un dispositivo di protezione sul pianeta chiamato "ArkNet". Ora, in connessione con la morte dell'agente, diversi decenni fa, la Terra non aveva alcuna barriera dai nemici dello spazio.
Jay scopre che Boris è stato mandato nel passato da Jeffrey Price, un commerciante di elettronica che aveva un time shifter illegale nel suo arsenale. L'agente non ha altra scelta che viaggiare indietro nel tempo per salvare il suo partner. E viene subito arrestato dal giovane Kay. Durante l'interrogatorio, Jay gli dice tutto e il futuro partner crede. Insieme trovano l'Arkanian Griffin, che ha l'ArkNet. Ora i tre continuano il loro viaggio e partono per installare una protezione sulla luna. Ma su un razzo vengono arrestati dal colonnello. Ora diventa il custode segreto di Jay.
Da questo momento in poi, gli eventi si sviluppano rapidamente. Gli eroi si incontrano con due Boris e ne consegue una rissa. Un criminale del futuro viene lanciato nel pozzo del razzo e il giovane Boris viene mandato a cercarlo. La protezione per la Terra è stata stabilita. E ora, sembrerebbe, la missione di Jay è completata, ma appare un giovane criminale che sopravvive miracolosamente. Il colonnello muore, ma anche Boris viene distrutto. E ora nel film appare un nuovo personaggio. Un ragazzo scende dall'auto del colonnello e inizia a cercare suo padre. L'agente si riconosce. Jay torna al suo tempo e incontra Kay al bar. Tutto è tornato indietro.
